Tests de dépistage en laboratoire pour surveiller les variants de la COVID-19

L’Ontario a un solide système pour surveiller les variants de la COVID-19 présents sur son territoire et détecter ceux qui sont nouveaux ou émergents.

Dépistage des variants de la COVID-19

Quels types de variants du SRAS-CoV-2 recherche SPO? Quelle est la différence entre un variant d’intérêt et un variant préoccupant?

Les virus changent et connaissent des mutations dans le cadre de leur évolution normale. Lorsque de nombreuses mutations surviennent dans le code génétique d’un virus, on parle alors de variant. Comme pour les autres virus, les variants sont courants avec le SARS-Cov-2 (le virus responsable de la COVID-19). Bien que de nombreux variants aient la même capacité de propagation et ne donnent pas lieu à une maladie plus grave, certains variants présentent des changements (mutations) et peuvent devenir préoccupants.

Un variant préoccupant (VP) présente une mutation ayant une incidence importante sur la santé publique ou la pratique clinique en raison d’au moins un des éléments suivants :

  • propagation (transmissibilité);
  • gravité de la maladie (virulence);
  • efficacité des vaccins;
  • test diagnostique.

Les variants préoccupants détectés en Ontario comprennent les suivants :

Dénomination de l'OMS

Lignée PANGO*

Ayant émergé au:

Alpha

B.1.1.7

Royaume-Uni

Beta

B.1.351

Afrique du Sud);

Gamma

P.1

Brésil

Delta

B.1617.2

Inde

Omicron B.1.1.529  Afrique du Sud

*Comprend toutes les sous-lignées. Pour une liste complète des sous-lignées, veuillez consulter notre rapport sur le séquençage du génome entier du SRAS-CoV-2 en Ontario.

Un variant d’intérêt (VI) peut avoir une ou plusieurs mutations en commun avec un VP, mais les données probantes s’y rapportant sont alors insuffisantes pour le considérer comme un VP.

Les variants d’intérêt actuellement détectés dans le monde et en Ontario comprennent les suivants :

Dénomination de l'OMS

Lignée PANGO

Ayant émergé au:

Lambda

C.37 Pérou

Mu

B.1.621 Colombie

*Comprend toutes les sous-lignées. Pour une liste complète des sous-lignées, veuillez consulter notre rapport sur le séquençage du génome entier du SRAS-CoV-2 en Ontario.

La stratégie de la province en matière de dépistage en laboratoire et de surveillance comprend le recensement et la surveillance des VP et des VI.

Pour en savoir plus au sujet des nouvelles conventions de dénomination des VP et des VI, consultez la page Web de l’Organisation mondiale de la santé : Suivi des variants du SARS-Cov-2.

Comment la province procède-t-elle au dépistage de la COVID-19 et des variants?
La stratégie complète de SPO en matière de dépistage en laboratoire et de surveillance comprend trois éléments principaux :

  • Test diagnostique de la COVID-19 (par PCR) : le test qui indique si une personne a la COVID-19 à l’heure actuelle. Il aide à déceler le virus, même en quantité infime. 
  • Séquençage du génome entier : un processus en laboratoire qui examine la structure d’un virus (le séquençage) en lisant son code génétique en entier. Le séquençage du SARS-Cov-2 nous permet d’en savoir plus sur le virus, sur la façon dont il se propage et change (VP et VI émergents

Séquençage du génome entier

Qu’est-ce que le séquençage du génome entier?

Le séquençage du génome entier (SGE) est un outil important qui nous aide à comprendre l'évolution et la propagation du virus SRAS-CoV-2 et qui peut éclairer les politiques et les meilleures pratiques de contrôle des épidémies.

Ce processus de laboratoire permet d’obtenir un profil génétique précis ou une empreinte génétique, qui peut détecter les COV et les VOI, et aide à comprendre la parenté entre les cas.

Quel est le processus suivi pour le séquençage du génome entier?
Le processus comprend quatre étapes :

  1. Un échantillon viral positif est traité avec des produits chimiques pour libérer le matériel génétique (également appelé ADN et ARN), qui est ensuite purifié.
  2. Les chercheurs font des copies de plusieurs régions superposées du génome, soit l'ensemble complet de l'ADN d'un organisme, en utilisant le PCR. Les copies sont appelées « bibliothèque d'ADN ».
  3. Cette bibliothèque d'ADN est chargée dans une machine, appelée séquenceur, qui nous permet d'examiner de plus près la structure de l'ADN du virus. Le résultat est appelé « lecture de l'ADN ».
  4. Le séquenceur produit des millions de lectures d'ADN et, grâce à des programmes informatiques spécialisés, ces lectures sont assemblées dans l'ordre. Lorsque le processus est terminé, la séquence du génome est prête pour une analyse plus approfondie.

Qui s’occupe du séquençage du génome entier en Ontario?

L’Ontario a un solide système pour surveiller les variants présents sur son territoire et détecter ceux qui sont nouveaux ou émergents. Le Réseau génomique COVID-19 de l’Ontario (RGCO) a été établi en mars 2021 pour surveiller en temps réel les variants connus et émergents. Il compte des représentants des laboratoires cliniques et de santé publique qui font les séquençages du génome, ainsi que du gouvernement, de la santé publique et des centres de recherche.

Le RGCO coordonne la prestation de services de génomique et contribue aux avancées et à la compréhension de cette science afin de lutter contre la pandémie de COVID-19 par le renforcement de la capacité de dépistage en Ontario. Il encourage aussi le recours à la génomique pour définir les mesures sanitaires.

Données sur les variants et rapports à SPO

Où puis-je trouver de l’information et des données sur les variants de la COVID-19?

SPO a travaillé en étroite collaboration avec des laboratoires partenaires qui effectuent le séquençage génomique en Ontario pour concevoir et simplifier le processus de collecte de données et de déclaration concernant les VP. Une série de rapports courants et d’outils sont à votre disposition pour en savoir plus, dont les suivants :

  1. Séquençage du génome entier du SARS-CoV-2 en Ontario : Résumé épidémiologique amélioré qui comprend des données sur les variants préoccupants, les variants d’intérêt et les autres variants observés dans la province.
  2. Rapports épidémiologiques quotidiens et hebdomadaires sur la COVID-19 en Ontario : Résumé épidémiologique des cas récents de COVID-19 en Ontario. Les données historiques sur les VP ainsi que les mutations dans les résumés épidémiologiques quotidiens et hebdomadaires sont disponibles sur la page Web provinciale des données sur la COVID 19.
Mis à jour le 31 déc. 2021