Le dépistage de séquençage du génome entier

SPO mène des tests par RCP afin d’appuyer la riposte de l’Ontario à la COVID-19. Apprenez-en davantage sur cette méthode de dépistage et ses applications.
Le séquençage du génome entier (SGE) est un outil important qui nous aide à comprendre l'évolution et la propagation du virus SRAS-CoV-2 et qui peut éclairer les politiques et les meilleures pratiques de contrôle des épidémies.

Ce processus de laboratoire permet d'obtenir un profil génétique précis ou une empreinte génétique, qui peut détecter les COV et les VOI, et aider à comprendre la parenté entre les cas.

Le test PCR pour les VP fait partie des dépistages systématiques des échantillons déclarés positifs à la COVID-19 depuis février 2021. L’approche du test PCR pour les variants a été conçue pour permettre une détection ciblée et rapide de variants spécifiques considérés comme rares à l’époque pour la gestion des cas individuels ou le contrôle de la santé publique locale.

Plus de 99 % des échantillons séquencés ont permis de détecter le variant Delta. Le test PCR de VP recherche un petit nombre de changements dans le code génétique du virus COVID-19. Cependant, ces changements peuvent être partagés par de nombreux variants. Pour identifier de nouveaux variants, le séquençage de l'ensemble du génome est nécessaire.
Le SGE a détecté le variant, y compris les nouveaux variants potentiels en Ontario, ce qui est important pour informer la réponse de santé publique.

Ce passage à la réalisation d’un SGE sur 100 % des échantillons déclarés positifs à la COVID-19 admissibles et l’arrêt des dépistages systématiques des VP à l’aide d’un test de PCR sur les échantillons déclarés positifs à la COVID-19 nous permettront de détecter et de surveiller les VP, les VI et autres variants de manière proactive et systématique.

Quel est le processus suivi pour le séquençage du génome entier?
Le processus comprend quatre étapes :

  1. Un échantillon viral positif est traité avec des produits chimiques pour libérer le matériel génétique (également appelé ADN et ARN), qui est ensuite purifié.
  2. Les chercheurs font des copies de plusieurs régions superposées du génome, soit l'ensemble complet de l'ADN d'un organisme, en utilisant le PCR. Les copies sont appelées « bibliothèque d'ADN ».
  3. Cette bibliothèque d'ADN est chargée dans une machine, appelée séquenceur, qui nous permet d'examiner de plus près la structure de l'ADN du virus. Le résultat est appelé « lecture de l'ADN ».
  4. Le séquenceur produit des millions de lectures d'ADN et, grâce à des programmes informatiques spécialisés, ces lectures sont assemblées dans l'ordre. Lorsque le processus est terminé, la séquence du génome est prête pour une analyse plus approfondie.

Stratégie de dépistage en laboratoire
Au moment où on commence à connaître les variants nouveaux et émergents, les réseaux de laboratoires du monde entier, y compris le laboratoire de Santé publique Ontario (SPO) – qui fait partie du réseau de laboratoire provincial –, doivent s’adapter, passer à un suivi proactif de ces variants et comprendre leur propagation en Ontario.

Pourquoi mettons-nous à jour notre stratégie de dépistage?
L'adoption d’une stratégie de surveillance représentative du séquençage génomique est conforme aux pratiques exemplaires. En outre, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies et le Royaume-Uni se sont également dotés d’une telle stratégie. Ces modifications nous permettent de mieux utiliser nos ressources pour surveiller et mieux comprendre l’importance des VP actuels en Ontario. De plus, nous pouvons maintenant détecter et faire le suivi de futurs VP et VI d’une manière fiable et opportune.


Le point sur les tests VP et VI à SPO

Quels types de variants du SRAS-CoV-2 recherche SPO? Quelle est la différence entre un variant d’intérêt (VI) et un variant préoccupant (VP)?
Les virus changent et connaissent des mutations dans le cadre de leur évolution normale. Lorsque de nombreuses mutations surviennent dans le code génétique d’un virus, on parle alors de variant. Comme pour les autres virus, les variants sont courants avec le SARS-Cov-2 (le virus responsable de la COVID-19). Bien que de nombreux variants aient la même capacité de propagation et ne donnent pas lieu à une maladie plus grave, certains variants présentent des changements (mutations) et peuvent devenir préoccupants.

Un variant préoccupant (VP) présente une mutation ayant une incidence importante sur la santé publique ou la pratique clinique en raison d’au moins un des éléments suivants :

  • propagation (transmissibilité);
  • gravité de la maladie (virulence);
  • efficacité des vaccins;
  • test diagnostique.

 

Les variants préoccupants détectés en Ontario comprennent les suivants :

Dénomination de l'OMS

Lignée PANGO*

Ayant émergé au:

Alpha

B.1.1.7

Royaume-Uni

Beta

B.1.351

Afrique du Sud);

Gamma

P.1

Brésil

Delta

B.1617.2

Inde

*Comprend toutes les sous-lignées. Pour une liste complète des sous-lignées, veuillez consulter notre rapport sur le séquençage du génome entier du SRAS-CoV-2 en Ontario.

Un variant d’intérêt (VI) peut avoir une ou plusieurs mutations en commun avec un VP, mais les données probantes s’y rapportant sont alors insuffisantes pour le considérer comme un VP.

Les variants d’intérêt actuellement détectés dans le monde et en Ontario comprennent les suivants :

Dénomination de l'OMS

Lignée PANGO

Ayant émergé au:

Eta

B.1.525

Nigéria

Iota

B.1.526

É.-U.)

Kappa

B.1.617.1

Inde

Lambda

C.37

Pérou

*Comprend toutes les sous-lignées. Pour une liste complète des sous-lignées, veuillez consulter notre rapport sur le séquençage du génome entier du SRAS-CoV-2 en Ontario.

La stratégie de SPO en matière de dépistage en laboratoire et de surveillance comprend le recensement et la surveillance des VP et des VI.

Pour en savoir plus au sujet des nouvelles conventions de dénomination des VP et des VI, consultez la page Web de l’Organisation mondiale de la santé : Suivi des variants du SARS-Cov-2.

 

Comment les équipes de SPO procèdent-elles au dépistage de la COVID-19 et des variants? 
La stratégie complète de SPO en matière de dépistage en laboratoire et de surveillance comprend trois éléments principaux :

  • Test diagnostique de la COVID-19 (par PCR) : le test qui indique si une personne a la COVID-19 à l’heure actuelle. Il aide à déceler le virus, même en quantité infime. 
  • Séquençage du génome entier : un processus en laboratoire qui examine la structure d’un virus (le séquençage) en lisant son code génétique en entier. Le séquençage du SARS-Cov-2 nous permet d’en savoir plus sur le virus, sur la façon dont il se propage et change (VP et VI émergents). Cette technique nous permet d’effectuer une détection précoce de toute menace posée par un VP et un VI.

Où puis-je trouver de l’information et des données sur les variants de la COVID-19?
SPO a travaillé en étroite collaboration avec des laboratoires partenaires qui effectuent le séquençage génomique en Ontario pour concevoir et simplifier le processus de collecte de données et de déclaration concernant les VP. Une série de rapports courants et d’outils sont à votre disposition pour en savoir plus, dont les suivants :

  1. Le résumé épidémiologique hebdomadaire du SGE, rend compte des échantillons séquencés du RGCO, qui comprend des données sur les variants préoccupants, les variants d’intérêt et les autres variants observés dans la province.
  2. Les données historiques sur les VP ainsi que les mutations dans les résumés épidémiologiques quotidiens et hebdomadaires sont disponibles sur la page Web provinciale des données sur la COVID-19.
Mis à jour le 17 nov. 2021