Surveillance de la COVID-19 dans les eaux usées en Ontario

Le rapport de surveillance de la COVID-19 dans les eaux usées en Ontario est actualisé à 16 h 30 HE les jeudis.

Les experts en santé publique surveillent les eaux usées pour suivre l’évolution de maladies comme la COVID-19. Ils analysent les rejets municipaux à la recherche de marqueurs du SRAS-CoV-2 provenant de personnes infectées.

Ce rapport présente une vue d’ensemble des signaux de COVID-19 dans les eaux usées dans la province et ses sous-régions.

Remerciements : Le rapport de surveillance de la COVID-19 dans les eaux usées en Ontario est basé sur l’ouvrage original du Ontario COVID-19 Science Advisory Table du 6 septembre 2022  intitulé Wastewater Signals in Ontario [Signaux de COVID-19 dans les eaux usées en Ontario].

Graphique linéaire de l’estimation de la présence de la COVID-19 dans les eaux usées de l’Ontario.  L’axe horizontal correspond à la date d’échantillonnage, et l’axe vertical, à la concentration normalisée des copies de gènes du SRAS-CoV-2.  On observe des pics au début de janvier 2022, à la mi-avril 2022 et entre le milieu et la fin de juillet 2022. On constate une douce augmentation des signaux de la mi-septembre à la mi-octobre et une diminution par la suite.

Le signal provincial de COVID-19 dans les eaux usées pour l’Ontario est la moyenne pondérée des concentrations, standardisées et normalisées par des biomarqueurs, de copies de gènes du SRAS-CoV-2 dans 103 stations d’épuration des eaux usées, stations de pompage et bassins d’eaux usées des 34 circonscriptions sanitaires. Chaque série de concentrations de gènes N1 et N2 trouvée dans les eaux usées de chaque endroit a été normalisée à l’aide de l’écart-type propre au gène et au lieu. Les concentrations standardisées des gènes N1 et N2 ont d’abord été converties en unités d’écart-type, puis ont fait l’objet d’une transformation logarithmique. Des splines cubiques restreintes comportant des nœuds situés tous les 10 jours ont été ajustées séparément pour chaque gène trouvé à chaque endroit afin d’estimer les valeurs quotidiennes normalisées transformées logarithmiquement.

Des méta-analyses à effets fixes ont été utilisées pour calculer les moyennes quotidiennes pondérées par l’inverse de la variance des estimations transformées logarithmiquement dans chaque circonscription sanitaire. Ces moyennes ont ensuite été combinées en une analyse à effets fixes pour toutes les circonscriptions en utilisant la taille de la population de ces dernières comme poids analytique. Les moyennes quotidiennes pondérées obtenues ont été élevées à une puissance et représentent donc des unités d’écart-type.

* La ligne orange pointillée et la zone la plus claire représentent des données incomplètes (manquantes à plus de 90 % à la date donnée). La ligne représente les meilleures estimations provisoires effectuées selon les approches statistiques décrites plus haut pour tenir compte des données encore inaccessibles. Il pourrait donc y avoir des sous-estimations ou des surestimations, qui pourront changer lorsqu’il y aura plus de données.

Pour prendre en compte la proportion d’eaux usées rejetée par les humains et celle provenant, par exemple, de la pluie ou de la fonte des neiges, les concentrations des gènes N1 et N2 sont normalisées selon le virus de la marbrure légère du piment (PMMoV), un biomarqueur fécal stable d’une saison à l’autre. Les échantillons sont généralement prélevés trois fois par semaine à chaque endroit. Un décalage de 5 à 7 jours est attendu entre la détection de copies d’un gène du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées et le diagnostic et le signalement de cas de COVID-19. Le signal dans les eaux usées du 21 janvier, par exemple, se reflète dans les cas rapportés de COVID-19 s’étendant du 26 au 28 janvier.

Les données sont recueillies tous les mercredis à 13 heures.

Graphique linéaire de l’estimation de la présence de la COVID-19 dans les eaux usées de la région du Nord.  L’axe horizontal correspond à la date d’échantillonnage, et l’axe vertical, à la concentration normalisée des copies de gènes du SRAS-CoV-2.  On observe des pics au début de janvier 2022, au début de février 2022, à la mi-avril 2022 , puis à la fin de juillet 2022 . On constate une hausse graduelle des signaux de la mi-septembre à la mi-octobre 2022 et une diminution par la suite.

Graphique linéaire de l’estimation de la présence de la COVID-19 dans les eaux usées de la région du Centre-Est (sauf la région du grand Toronto).  L’axe horizontal correspond à la date d’échantillonnage, et l’axe vertical, à la concentration normalisée des copies de gènes du SRAS-CoV-2.  On observe des pics au début de janvier 2022, à la mi-avril 2022,  à la mi-août 2022 et à la fin de septembre 2022.

Graphique linéaire de l’estimation de la présence de la COVID-19 dans les eaux usées de région de l’Est.  L’axe horizontal correspond à la date d’échantillonnage, et l’axe vertical, à la concentration normalisée des copies de gènes du SRAS-CoV-2.  On observe des pics au début de janvier 2022, à la mi-avril 2022 et à la fin de juillet 2022. Les signaux ont fluctué tout au cours des mois d’août et de septembre, pour atteindre un pic au début d’octobre 2022.

Graphique linéaire de l’estimation de la présence de la COVID-19 dans les eaux usées de la région du Sud-Ouest.  L’axe horizontal correspond à la date d’échantillonnage, et l’axe vertical, à la concentration normalisée des copies de gènes du SRAS-CoV-2.  On observe des pics à la mi-janvier 2022  et à la mi-avril 2022.Les signaux ont recommencé à augmenter à la fin de juin 2022 et ont atteint un plateau du début d’août jusqu’à septembre 2022. On constate deux pics au début d’octobre 2022 et à la fin d’octobre 2022.

Graphique linéaire de l’estimation de la présence de la COVID-19 dans les eaux usées de la région du grand Toronto.  L’axe horizontal correspond à la date d’échantillonnage, et l’axe vertical, à la concentration normalisée des copies de gènes du SRAS-CoV-2.  On observe des pics au début de janvier 2022, au début d’avril 2022 et à la mi-juillet 2022. On constate ensuite une hausse des signaux à la mi-septembre, qui ont atteint un pic à la mi-octobre.

Graphique linéaire de l’estimation de la présence de la COVID-19 dans les eaux usées de la région du Centre-Ouest (sauf la région du grand Toronto).  L’axe horizontal correspond à la date d’échantillonnage, et l’axe vertical, à la concentration normalisée des copies de gènes du SRAS-CoV-2.  On observe des pics au début de janvier 2022, à la mi-avril 2022, à la fin de juillet 2022, à la fin de septembre  2022 et à la fin d’octobre 2022.

Consultez les notes sous les chiffres provinciaux pour en savoir plus sur les méthodes utilisées dans le but de détecter des signaux de COVID-19 dans les eaux usées par région.

Le Nord inclut Algoma; North Bay-Parry Sound; le Nord-Ouest; Porcupine; Sudbury et ses districts; Thunder Bay; et Témiscamingue. Le Centre-Est comprend Haliburton, Kawartha et Pine Ridge; Peterborough; et Simcoe Muskoka. L’Est inclut l’Est de l’Ontario; Hastings et Prince Edward; Kingston, Frontenac et Lennox and Addington; Leeds, Grenville et Lanark; Ottawa; et le comté de Renfrew et son district. Le Sud-Ouest comprend Chatham-Kent; Grey Bruce; Huron et Perth; Lambton; Middlesex-London; le Sud-Ouest; et Windsor-Essex. Le Centre-Ouest inclut le comté de Brant; Haldimand–Norfolk; Hamilton; la région de Niagara, Waterloo; et Wellington-Dufferin-Guelph. La RGT comprend la région de Durham; la région de Halton; Peel; Toronto; et la région de York. RGT : région du grand Toronto.

* La ligne orange pointillée et la zone la plus claire représentent des données incomplètes (manquantes à plus de 90 % à la date donnée). La ligne représente les meilleures estimations provisoires effectuées selon les approches statistiques décrites plus haut pour tenir compte des données encore inaccessibles. Il pourrait donc y avoir des sous-estimations ou des surestimations, qui pourront changer lorsqu’il y aura plus de données.

Les données proviennent, entre autres, des sources suivantes :
Ontario. Ministère de l’Environnement, de la Protection de la nature et des Parcs. Ontario – Fichier étendu de données WSI agrégées [table de données non publiées]. Toronto (Ontario) : Imprimeur du Roi pour l’Ontario; 2022.

Jüni, P., da Costa B. R., Maltsev A., Katz G. M., Perkhun A., Yan S. et coll. Recueils « Ontario Dashboard: Tracking Omicron » du Ontario COVID-19 Science Advisory Table. Toronto (Ontario), 2021 [cité le 4 septembre 2022]. En ligne : https://doi.org/10.47326/ocsat.dashboard.2021.1.0

La surveillance des eaux usées de l’Ontario est coordonnée et organisée par le ministère de l’Environnement, de la Protection de la nature et des Parcs. Les analyses de laboratoire sont effectuées par l’Université Carleton, l’Université de Guelph, l’Institut de recherches d’Horizon Santé-Nord, l’Université McMaster, le Laboratoire national de microbiologie, l’Université technologique de l’Ontario, l’Université d’Ottawa, l’Université Queen’s, l’Université Ryerson, l’Université de Toronto, l’Université Trent, l’Université de Waterloo, l’Université Western Ontario et l’Université de Windsor.

Les données qui servent à produire les graphiques des signaux dans les eaux usées sont les plus récentes dont nous disposons, mais elles sont sujettes à changement pour les raisons suivantes :

  • Incorporation de données décalées en raison de retards occasionnels dans l’expédition ou le traitement en laboratoire des échantillons. Cela peut changer légèrement les signaux du virus par rapport aux semaines précédentes.
  • Révision des données publiées antérieurement. Cela peut découler d’un changement dans les méthodes d’analyse des laboratoires ou du retraitement d’échantillons.

 

Modèle proposé pour citer cette page : Agence ontarienne de protection et de promotion de la santé (Santé publique Ontario). Surveillance de la COVID-19 dans les eaux usées en Ontario. Toronto (Ontario) : Imprimeur du Roi pour l’Ontario; 2022.

Mis à jour le 24 nov. 2022